Преподобний здійснив подорож до Єрусалиму і протягом трьох років обійшов усі святі місця. Тоді імператор Костянтин Копронім іконоборець вигнав Готського єпископа, і місцеві християни стали старанно просити святого Іоана бути їхнім єпископом.

Святий Іоан вирушив до Іверії (Грузії), де був хіротонізований на єпископа. Після повернення до готов був змушений покинути їх і, ховаючись від переслідування хазарів, пішов до Амастріди, де прожив 4 роки. Почувши про смерть кагана, святитель сказав: "Через 40 днів я піду судитися з ним перед Христом Спасителем". Справді, через 40 днів святитель помер, це сталося у той час, коли він звертався з повчанням до народу у 790 році.

Тіло святителя було перевезено до монастиря Парфеніт, розташованого в Криму біля підошви гори Аю-Даг, де раніше жив святитель біля збудованого ним великого храму в ім'я святих апостолів Петра та Павла.